Eestis oli küüditatute väljasaatmiseks varutud 490 vagunit ning inimeste peale laadimine – arreteeritud perekonnapead ning naised-lapsed eraldi – loomavagunitesse toimus paljudes sõlmpunktides üle Eesti. Kokku küüditati Eestist umbes 10 000 inimest. Arreteeritud, keda oli üle 3000, saadeti vangilaagritesse, kus enamik lühikese aja jooksul hukkus. Ülejäänud, st naised ja lapsed, saadeti Siberisse asumisele ning sealgi tegi külm, raske töö ning nälg kohutavat hävitustööd.Tartus juhiti rahuliku elanikkonna vastu suunatud operatsiooni „hallist majast”, kus peale 1940. a toimunud natsionaliseerimist alustas tegevust ENSV Siseasjade Rahvakomissariaadi Tartu osakond. Osakonna juhtimisel küüditati Tartu linnast 1941. a juuni keskel Siberisse 630 inimest, tuntuimad neist omaaegne linnapea Jaan Kriisa, professor Karl Saral, advokaat Teodor Kanemägi, kolonel Hugo Kulbok ja Julius Kuperjanovi lesk Alice Kuperjanov. Samuti saadeti välja „halli maja” endine omanik ja tuntud ärimees Oskar Sõmermaa koos perekonnaga. Oskar suri 1943. a Sosva vangilaagris, tema pere küüditati Tomski oblastisse.Tänapäeval asub „halli maja“ keldris asub KGB kongide muuseum. Muuseum mälestab kõiki juuniküüditamise ohvreid ning ootab huvilisi muuseumisse ekspositsiooniga tutvuma T–L kell 11–17.